A construção iniciou em 1939; o primeiro padre que visitou o povoado foi frei Justino Girardi, vindo de São Francisco; os padres franciscanos tomaram posse da paróquia de São Francisco do Sul no dia 26 de agosto de 1915; no mesmo ano visitaram a região de Garuva. As primeiras missas foram perto do Porto de Cavalinhos na residência de Marcos Padilha e no povoado de Garuva, na casa de João Catarina. A primeira capela foi construída em 1918; mais tarde foi demolida e em 1939 iniciada nova capela que se conserva até hoje e levou 9 anos para ser construída. No dia 25 de fevereiro de 1960 foi criada a paróquia São João Batista de Garuva, desmembrada da paróquia de São Francisco e padre José Novak foi nomeado o 1º pároco. A nova igreja teve sua construção iniciada em 1997.

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